为更好的发挥党建引领公益慈善事业健康蓬勃发展的作用，教育基金会于2020年10月向安徽医科大学机关党委申请成立独立党支部，10月19日获批成立基金会党支部。现有正式党员4人，均在职。

支部书记由基金会秘书长袁方担任，全面负责支部党的建设和廉政建设工作，同时指定纪检工作联络员一名。